Asetukset 
Tämä valikko sisältää kaikki asetukset mitä voi määrittää.
-
Laitteistopohjainen kiihdytys (GPU)
Tämä asetus määrittää käytetäänkö Direct2D-kiihdytystä.
-
Animaatiot
Tämä asetus määrittää käytetäänkö animaatioita valikkojen kanssa.
-
Läpinäkyvät ikkunat
Tämä asetus määrittää ovatko leijuvat ikkunat osittain läpinäkyviä kun ne ovat piirtoalueen yläpuolella..
-
Näytä kuvien esikatselu Windowsin tehtäväpalkissa
Tämä asetus määrittää näytetäänkö avoinna olevien kuvien esikatselu kun hiiri on paint.netin ikonin päällä vai näytetäänkö vain itse ohjelma.
-
Värimalli
Tämä valikko antaa sinun sinisen tai vaalean värimallin välillä.
-
Kieli
Tämä valikko antaa sinun valita mitä kieltä paint.net käyttää.
Tätä voi käyttää kaikkien työkalujen oletusarvojen asettamiseen. Voit myös vaihtaa mikä työkalu on valittu kun paint.net käynnistetään. “Palauta” nappi palauttaa kaikki arvot oletusarvoihin, kun “Lataa työkalupalkista” ottaa työkalupalkin nykyiset asetukset ja ottaa ne käyttöön.
-
Automaattisesti tarkista päivityksiä kun käynnistät paint.net
Tämä asetus määrittää automaattisen päivityksen.
-
Tarkista nyt
Tätä painamalla paint.net tarkistaa päivitykset. Oletuksena, paint.net tarkistaa päivitykset muutaman päivän välein kun se on avoinna. Henkilökohtaisia tietoja ei lähetetä koneeltasi prosessin aikana.
Windows 7:ssä ja uudemmissa, paint.net antaa kaikkien tarkistaa päivitykset. Kuitenkin, jotta voisit asentaa päivitykset, tarvitset Järjestelmänvalvojan oikeudet.
-
Tarkista myös esijulkaistuja (beeta) versioita
Tämä asetus määrittää etsitäänkö myös mahdollisia alpha, beeta tai julkaisukandidaatti-versioita.